Ignora-se a data da edificação da primeira igreja, anterior a 1641, humilde e recoberta de palha, fora da cidade, de frente para a praia. Foi profanado em 1641 pelos holandeses de Lichthardt, que aportaram as suas 18 naus, fazendo-as ancorar na enseada defronte da ermida, atirando-se ao saque da cidade indefesa. Na pilhagem cometeram o sacrilégio de despedaçar a imagem de Nossa Senhora do Desterro, orago da ermida.
Ficou muito tempo em terra, sem aparecer quem se animasse a reedificá-la, quando, em 1832, apareceu José de Lê, um preto que morava perto, muito devoto de São José, o qual deu início à construção do novo templo. Passou por inúmeras dificuldades, porém não se deixou abater pelo desânimo. Auxiliado por outros devotos, trabalhou muito, poupando o que podia, indo ao mato cortar madeira, buscar barro, pedra e cal, até que a morte o surpreendeu. Foi substituído por José Antônio Furtado do Queixo, que pôde concluí-la em 1863. Com a morte de Furtado, a Irmandade de Nossa Senhora do Desterro entregou-se ao mais criminoso desleixo, sendo roubados e perdidos os objetos de prata e ouro, que formavam o mais precioso acervo de São Luís.
Devido ao perigo que as ruínas ofereciam, a Câmara Municipal, em 1865, roga ao Bispo autorização para fazer naquele local uma praça e um mercado de peixe. César Marques protesta, rememorando o valor histórico do templo e insistiu tanto na sua defesa, que o assunto foi estudado e, logo depois, uma comissão foi organizada para empreender a reedificação da igreja.
Em 1954, estando esse tradicional templo em estado precário de conservação, a diretoria do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional toma a iniciativa de realizar obras de consolidação e preservação, mandando proceder à restauração.
fonte: http://www.citybrazil.com.br/ma/saoluis/turismo.htm
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